Stasiun Shelter memiliki bangunan dua lantai, di lantai dasar digunakan sebagai area pelayanan pengguna dan lantai satu sebagai area peron tunggu KRL.
Luas lantai dasar Stasiun Shelter Matraman adalah 354,25 Meter Persegi yang terdiri dari loket, gare elektronik masuk dan keluar area stasiun, toilet Pria/Wanita dan toilet difabel, Musala, Ruang kesehatan, Ruang staf stasiun, dan Ruang pelayanan barang tertinggal, serta area pelayanan pengguna lainnya.
Sedangkan lantai satu Stasiun Shelter Matraman dengan luas 588 Meter Persegi yang difungsikan sebagai peron tempat tunggu naik KRL pada jalur 1 dan jalur 2.
Stasiun Shelter ini dilengkapi dengan fasilitas tangga manual, eskalator dan lift untuk pengguna prioritas, serta tempat parkir untuk kendraan bermotor.
Pada acara soft launching ini hadir perwakilan dari pengguna disabilitas yang turut memberikan apresiasi atas fasilitas yang telah mendukung keamanan dan kenyamanan pengguna dengan disabilitas di Stasiun Shelter Matraman. ***