Pada awal berdirinya sekolah ini hanya memprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya.
Kemudian pada tahun ajaran kedua MAN Insan Cendekia telah memberikan kesempatan bagi siswa SMP/MTs umum baik negeri maupun swasta.
Pada 2001, sesuai dengan SK Menteri Agama RI, Nomor 490 Tahun 2001 MA Insan Cendekia Serpong dan Gorontalo berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri.
Saat ini MAN Insan Cendekia Serpong memiliki jumlah siswa sebanyak 403 lebih dan alumni sebanyak lebih dari 5070.
MAN Insan Cendekia Serpong mempunyai visi yaitu terwujudnya sumber daya manusia yng berkualitas tinggi dalam keimanan dan ketakwaan, menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi, dan mampu mengaktualisasikan diri dalam kehidupan masyarakat.
Demikian profil sekolah MAN Insan Cendekia Serpong peraih peringkat 1 nasional berdasarkan nilai UTBK 2022 versi LTMPT.***