Berikut daftar lengkap fakultas dan program studi atau jurusan di Universitas Bondowoso:
1. Fakultas Pertanian
-
S1 Agribisnis
2. Fakultas Agama Islam
-
S1 Kependidikan Islam
-
S1 Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyah)
3. Fakultas Teknik
-
S1 Teknik Sipil
4. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan