Setelah menerima laporan bawa ada Jenderal yang diculik, Mayjen Soeharto langsung mengambil alih pimpinan Angkatan Darat guna menindak-lanjuti peristiwa yang terjadi pada 30 September 1965.
Langkah penumpasan dimulai pada 1 Oktober 1965, TNI berusaha menetralisasi pasukan-pasukan G30S PKI yang menduduki Lapangan Merdeka.
Mayjen Soeharto juga menugaskan Kolonel Sarwo Edhi Wibowo untuk merebut kembali gedung RRI dan Pusat Telekomunikasi, tugas tersebut selesai dalam waktu singkat dan tanpa pertumpahan darah.
Dengan dikuasainya RRI dan Telekomunikasi, pada jam 20.00 WIB Soeharto mengumumkan bahwa telah terjadi perebutan kekuasaan oleh gerakan 30 September 1965 , beliau juga mengumumkan bahwa Presiden Soekarno dan Menko Hankam/KASAB Jenderal A.H. Nasution dalam keadaan selamat.
Operasi penumpasan berlanjut ke kawasan Halim Perdanakusuma pada 2 Oktober 1965, tempat pasukan G30S mengundurkan diri dari kawasan Monas.
Berkat keterangan Polisi Sukitman yang berhasil lolos dari penculikan PKI, Soeharto dan pasukannya berhasil menemukan jenazah para Jenderal.
Tepat pada 5 Oktober 1965, jenazah para Jenderal dan Lettu Pierre Tendean kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata Jakarta.
Tak berhenti di situ, operasi penumpasan PKI berlanjut dengan menangkap orang-orang yang dianggap bertanggung jawab pada peristiwa itu.