- peringkat nasional: 26
- peringkat dunia: 2207
2. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
- peringkat nasional: 33
- peringkat dunia: 2759
3. Universitas Alma Ata
- peringkat nasional: 35
- peringkat dunia: 2768
4. Universitas Ahmad Dahlan
- peringkat nasional: 46
- peringkat dunia: 3178
5. Universitas Atma Jaya Yogyakarta
- peringkat nasional: 61
- peringkat dunia: 3795
6. Universitas Sanata Dharma
- peringkat nasional: 89
- peringkat dunia: 4664
7. Universitas Kristen Duta Wacana
- peringkat nasional: 103
- peringkat dunia: 5092
8. Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa
- peringkat nasional: 113
- peringkat dunia: 5379
9. Universitas Mercu Buana Yogyakarta
- peringkat nasional: 126
- peringkat dunia: 5747
10. Universitas AMIKOM Yogyakarta