Perubahan tersebut berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) RI Nomor 85 Tahun 2001 Tertanggal 5 Juli 2001 dan peresmiannya berlangsung pada tanggal 23 Juli 2001.
Sejumlah fakultas di Universitas Trunojoyo Madura yakni Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Fakultas Pertanian, Fakultas Teknik, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Budaya, dan Fakultas Keislaman
Daftar lengkap program studi atau jurusan di setiap fakultas Universitas Trunojoyo Madura, di antaranya:
Baca Juga: Materi Naskah Khutbah Jumat Pilihan Edisi 20 Januari 2023 dengan Tema Macam-macam Hidayah
1. Fakultas Hukum
Program Studi Ilmu Hukum ( S1 ) dan Program Studi Magister Ilmu Hukum ( S2 )
2. Fakultas Ekonomi dan Bisnis
Program Studi D3 Akuntansi Sektor Publik dan D3 Entrepreneurship.
Program Studi S1 yaitu Manajemen (konsentrasi Sumber Daya Manusia, Keuangan, Pemasaran), Akuntansi (konsentrasi Perpajakan, Sektor Publik, Syariah), dan Ekonomi Pembangunan (konsentrasi Perbankan, Perencanaan Pembangunan).
Untuk S2 ada Magister Akuntansi, Magister Manajemen, dan Magister Ilmu Ekonomi