Film Koi Mil Gaya menceritakan seorang pemuda bernama Rohit yang mempunyai keterbelakangan mental akibat kecelakaan saat dirinya masih dalam kandungan ibunya.
Rohit pun tumbuh sebagai pria dewasa namun masih bertingkah layaknya bocah dan pada suatu hari, Rohit bertemu gadis cantik bernama Nisha.
Melihat tingkah laku Rohit bersama teman-teman kecilnya dan terlihat polos membuat Nisha berteman baik dengannya, namun masalah lain muncul ketika teman lelaki Nisha merasa cemburu melihat kedekatan Nisha dan Rohit.
Kisah baru dimulai ketika secara tidak sengaja Rohit menemukan komputer tua Sanjay yang berada di gudang. Rohit mengotak-atik komputer Sanjay dan mengundang alien. Rohit dan Nisha menyembunyikan alien tersebut dan memberinya nama Jadoo.
Kehadiran Jadoo dalam hidup Rohit merubah diri dan kehidupan Rohit yang sangat berbeda dengan kesehariannya.
Apa yang terjadi sebenarnya dengan Rohit?