8. Universitas Sanata Dharma
- Peringkat nasional: 53
- Peringkat dunia: 3772
9. Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa
- Peringkat nasional: 76
- Peringkat dunia: 4420
10. Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta
- Peringkat nasional: 85
- Peringkat dunia: 4647
11. Institut Seni Indonesia Yogyakarta
- Peringkat nasional: 94
- Peringkat dunia: 5243
12. Universitas Kristen Duta Wacana
- Peringkat nasional: 97
- Peringkat dunia: 5490
13. Universitas Mercu Buana Yogyakarta
- Peringkat nasional: 104
- Peringkat dunia: 5562
14. Universitas AMIKOM Yogyakarta
- Peringkat nasional: 121
- Peringkat dunia: 6040
15. Universitas Alma Ata
- Peringkat nasional: 132
- Peringkat dunia: 6340
16. Universitas Aisyiyah Yogyakarta
- Peringkat nasional: 188
- Peringkat dunia: 8233
17. Universitas PGRI Yogyakarta