Misi dari SMA Negeri Siwalima Ambon adalah:
1. Mewujudkan insan yang mandiri
2. Mewujudkan sikap arif dan bijaksana
3. Mewujudkan sikap sosial dan kesetiakawanan
4. Mewujudkan sikap optimis
5. Mewujudkan insan yang humanis
6. Mewujudkan calon scientis yang inovatif dan kompetitif.
Demikian profil SMA Negeri Siwalima Ambon yang merupakan satu-satunya SMA Negeri terbaik yang berada di Provinsi Maluku.***