Kini di Cirebon juga telah berdiri pesantren Al Bahjah yang terkenal dengan buya Yahya. Selain itu, masih banyak pesantren kecil lainnya yang ada di Cirebon.
2. Jember
Jember yang terletak di Jawa Timur ini juga mendapat julukan sebagai kota santri. Jumlah pondok pesantrennya terbilang cukup banyak, yang tersebar hingga ke pelosok desa.
Dari data Kementerian Agama RI, pada 2013 terdappat 367 pesantren yang resmi terdaftar. Salah satu Pesantren yang terkenal adalah Ponpes Al Qodiry yang juga menjadi salah satu tujuan wisata religi walisongo.
Selain itu, para ulama di Jember banyak yang dijadikan panutan. Bahakn banyak yang menduduki jabatan birokrasi. Sejumlah pendidikan Islam berbasis penghafal Al Quran di kota ini pun banyak diminati para santri dari luar kota.
3. Tuban
Tuban yang juga merupakan salah satu kota di Jawa Timur ini memiliki banyak pesantren terkenal. Salah satu pesantren terbaik di Indonesia yang ada di Tuban adalah Langitan. Pesantren ini dikenal memiliki identitas khas pesantren salaf, dengan menerapkan metode tradisional.
Selain Langitan, masih ada pesantren lainnya yang cukup terkenal, di antaranya As Salam Senori dan Al Hikmah Sanggahan.
4. Kendal